（選択ステージは赤字で記してあります）
| シーン1 | タイトル | 熟練度獲得 | セーブデータ |
| ステージ1 | 出撃 | ○（17） | |
| ステージ3 | 月からの戦士 | ||
| ステージ4 | 巻き起これ嵐、正義の拳法 | ○（18） | |
| ステージ2 | 破壊者の脅威 | ○（19） | |
| ステージ5 | 蒼い心の訪問者 | ||
| ステージ6 | 奇跡を呼ぶ呪文 | ○（20） |
ここでステージ3を先に選択しているのは、パイロットが1人増えるから。
そして、ステージ4を先にクリアしておかないと、ステージ2でデビルサターンが出て来ないから。（＝熟練度が取れないから）
熟練度はどこで取っても構わないのですが、なるべく敵を撃破することで取っていきたいものです。
| シーン2 | タイトル | 熟練度獲得> | セーブデータ |
| ステージ7 | 怒りの魔神 | ||
| ステージ9 | Zの鼓動、再び | ||
| ステージ8 | 狙われた青い星 | ○（21） | |
| ステージ10 | 環 | ||
| ステージ11 | いつかお前が「歌う詩」 |
ここでの選択順は、お好みでよいのですが、
ステージ8での熟練度獲得条件が厳しいので、戦力の整う最後に選択しました。
| シーン3 | タイトル | 熟練度獲得 | セーブデータ |
| ステージ12 | 涙のスパイラルナックル | ○（22） | |
| ステージ15 | 2つのプロジェクト | ||
| ステージ13 | 孤独の戦士 | ||
| ステージ14 | 温めの「冷たい方程式」 | ○（23） | |
| ステージ16 | 悪夢、再来 |
ステージ12では、「スパイラルナックル入手」と「アイザム・ザ・サード＆シャザーラ入手」の2択となりますが、
ここでは熟練度の取れるスパイラルナックルの方を入手しましょう。>
その後ステージ15をプレイするのは、ここでやらないとザビーネが出て来ないから。
ザビーネ自体は後々出て来るのですが、経験値＆資金＆強化パーツのためにも、ね。
| シーン4 | タイトル | 熟練度獲得> | セーブデータ> |
| ステージ17 | たとえ我が命つきるとも | ○（24） | |
| ステージ21 | 錬金術師の想い | ○（25） | |
| ステージ20 | 新たなる侵略の手 | ○（26） | |
| ステージ19 | ディラド覚醒 | ||
| ステージ18 | ジェットよ、双殺剣を破れ | ||
| ステージ22 | 楽園への帰還 | ○（27） |
この順番の意味は、まずステージ21でエクセレンを復帰させ、戦力を整えるため。
ステージ20は、このタイミングだと味方増援の時期が早くなるから。
ステージ18とステージ19は、好みでOKです。
| シーン5 | タイトル | 熟練度獲得 | セーブデータ |
| ステージ23 | 策謀の宙域 | ○（28） | |
| ステージ24 | 燃えて走れ姉弟戦士 | ||
| ステージ27 | 常闇の国 | ||
| ステージ26 | 動き出す幽鬼たち | ○（29） | C |
| ステージ25 | 魔神転生 | ○（30） | |
| ステージ28 | 絶望の宇宙に |
この順番の意味は、ステージ24で待ちに待っていたグレンダイザーが復帰、ステージ27でライディーンを仲間にするため。
そしてここで、ステージ26クリアデータをセーブデータCとして保存しておく事。
セーブデータCの運用法はこちらからどうぞ。
更に、ステージ25で熟練度を取り、（この時点で熟練度30にして下さい）
次のシーン6を難易度ハードにして下さい。
| シーン6 | タイトル | 熟練度獲得 | セーブデータ |
| ステージ29 | 明日への勇気 | ||
| ステージ30 | 悠久の風 | ○（31） | |
| ステージ31 | 探究者 | ||
| ステージ32 | 破滅双曲線 | ○（32） | |
| ステージ33 | コロスは殺せない | ||
| ステージ34 | 激震する宇宙に | ○（33） |
シーン6の難易度がハードになっていると、ステージ31でコンテナから百式改を入手できます。
難易度ノーマルの時のフルアーマー百式改は、セーブデータCから、後ほど取りましょう。
…ガトーが核を撃ってしまったら、コンテナ自体出て来ません。
更に、ステージ33を選択ステージの前半にするか後半にするかで、入手できるユニットが変化します。
ここでは、後半に選択し、ZⅡを入手しましたが、これも好みで構いません。
ちなみに、前半に選択すると、エステバリス改が入手できます。
取れなかった方は、また後ほどセーブデータCから取っていきましょう。
そして、ここで大事なのが、ステージ33までに熟練度を「32」にして、
ステージ34を難易度ノーマルで始めること。
すると、ステージクリア後に色々なスキルを入手できます。
第1部では入手しなかったので、第2部ではがっちりもらっときましょう。