◆ 第７８回選抜高等学校野球大会 ◆
'06 ３/23〜４/４ 12 日間（１日順延） 阪神甲子園球場にて
優勝： 横浜 （神奈川） 準優勝： 清峰（長崎）
出場校一覧 （32校＝一般選考：29校・21世紀枠：２校・希望枠１校）
| ☆ 北海道 | | |
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| 北海道栄 | （４） | |
| 旭川実 | （２） | |
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| ☆ 東北 | | |
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| 光星学院 | （３） | （青森） |
| 秋田商 | （５） | （山形） |
| 一関学院 | （初） | （岩手＝希望枠） |
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| ☆ 関東 | |
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| 成田 | （初） | （千葉） |
| 高崎商 | （２） | （群馬） |
| 横浜 | （11） | （神奈川） |
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| 東海大相模 | （７） | （神奈川） |
| 真岡工 | （初） | （栃木＝21世紀枠） |
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| ☆ 東京 | |
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| 早稲田実 | （18） | |
| 東海大菅生 | （２） | |
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| ☆ 東海 | | |
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| 岐阜城北 | （初） | （岐阜） |
| 愛知啓成 | （初） | （愛知） |
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| ☆ 北信越 | | |
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| 高岡商 | （３） | （富山） |
| 日本文理 | （初） | （新潟） |
| 金沢桜丘 | （３） | （石川＝21世紀枠） |
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| ☆ 近畿 | | |
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| 履正社 | （初） | （大阪） |
| 智弁和歌山 | （７） | （和歌山） |
| 京都外大西 | （６） | （京都） |
| ＰＬ学園 | （19） | （大阪） |
| 北大津 | （初） | （滋賀） |
| 神港学園 | （４） | （兵庫） |
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| ☆ 中国 | | |
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| 関西 | （８） | （岡山） |
| 岡山東商 | （８） | （岡山） |
| 南陽工 | （３） | （山口） |
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| ☆ 四国 | | |
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| 小松島 | （２） | （徳島） |
| 今治北 | （初） | （愛媛） |
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| ☆ 九州 | | |
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| 清峰 | （初） | （長崎） |
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| 八重山商工 | （初） | （沖縄） |
| 延岡学園 | （２） | （宮崎） |
| 伊万里商 | （初） | （佐賀） |
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