まず鎌倉時代に始まった鎌倉五山の話から入ります。
中国・南宋の五山十刹の制にならって、鎌倉時代に北条氏が各禅刹の寺格を決め、官が任命した住寺を順次上位の寺へと昇任させる五山の制度を取り入れ、鎌倉にある主な五つの禅寺を五山としました。これが鎌倉五山といわれます。
しかし武家中心の五山であったため、明確には制度化されませんでした。
一方、京都にも禅寺が相次いで開かれました。そうした中、鎌倉幕府が倒れ室町時代になると、京都を中心とした五山の順位が定められました。
早いものでは、「五山」は
でした。その後変遷を経て、暦応五年（１３４２）には
とし、浄智寺（鎌倉）を准五山とする、鎌倉優先の順位が定められたこともありました。
しかし、足利義満は相国寺を創建してのち至徳三年（１３８６）に、鎌倉五山と京都五山の分離を行い、南禅寺（京都）は別格で「五山之上」とされ、鎌倉・京都にあってそれぞれ最高位に位置する禅宗寺院の五大寺を
というように、対等に鎌倉と京都の禅刹が据えられました。現在知られている鎌倉五山、京都五山が、この順位です。
参考文献 「鎌倉事典」、「京都事典」（いずれも東京堂出版）